2008年9月5日，国务院南水北调工程建设委员会办公室印发《南水北调工程建设资金管理办法》。办法全文如下：
      南水北调工程建设资金管理办法
      第一章   总则
      第一条  为规范南水北调工程建设资金管理，切实管好、用好南水北调工程建设资金，提高投资效益，依据国家法律法规及财经制度，结合南水北调工程特点制定本办法。
      第二条  本办法适用南水北调主体工程是指由南水北调东线江苏水源有线责任公司、南水北调东线山东干线有线责任公司、南水北调中线水源有线责任公司、南水北调中线干线工程建设管理局负责建设管理的主体工程以及湖北省南水北调工程建设管理局负责建设管理的汉江中下游治理工程（上述单位统称项目法人）。南水北调主体工程中的东线治污工程和截污导流工程、中线丹江口库区及上游水污染防治和水土保持工程除外。南水北调主体工程中的征地补偿和移民安置工程的资金管理按照国务院南水北调工程建设委员会办公室（以下简称国务院南水北调办）颁发的《南水北调工程建设征地补偿和移民安置资金管理办法（试行）》（国调办经财[2005]39号）执行。
      第三条  工程建设资金管理的原则是：统筹安排，分级管理；制度健全，程序规范；专款专用，讲求效益；职责清晰，各负其责。
      第四条  项目法人应严格执行有关法律法规和财经制度，对工程建设资金实行全过程管理，应符合以下基本要求：
      （一）依法筹集、拨（支）付、使用资金；
      （二）按工程概算和项目管理预算控制投资；
      （三）执行投资计划和基本建设支出预算；
      （四）依据合同按程序结算支付价款；
      （五）依据基本建设财务会计制度核算工程成本；
      （六）加强监督检查。
      第五条  项目法人对资金的筹集和使用负总责，实行代建制和委托制建设管理单位对所负责建设管理工程的资金使用负责。项目法人和建设管理单位要建立资金管理责任制度。
      第六条 项目法人和建设管理单位应设置专门的财务管理机构,负责工程建设资金管理。
      第二章   筹资管理
      第七条  工程建设资金通过中央预算内资金（含中央预算内专项资金，下同）、南水北调工程基金、银行贷款等多渠道筹集。项目法人应依据经批准的工程建设资金筹资方案筹集工程建设资金。
      第八条  南水北调工程实行资本金制度，资本金由中央预算内资金和南水北调工程基金组成。项目法人应依据下达的年度投资计划和年度基本建设支出预算申请中央预算内资金和南水北调工程基金拨款，落实资本金。
      第九条  项目法人应依据年度投资计划、工程建设进度及与银行（银团）签订的贷款合同，落实信贷资金。
      第十条  项目法人应合理安排年度资金使用结构，提高资金使用效率。
      第三章  投资控制管理
      第十一条　南水北调工程投资应依据《南水北调工程投资静态控制动态管理规定》进行控制管理。
      第十二条　项目法人应以批准的初步设计概算确定的投资额作为投资控制的依据；依据《南水北调工程投资静态控制和动态管理规定》编制项目管理预算的，以批准的项目管理预算作为投资控制的依据。实行代建制和委托制的设计单元工程，建设管理单位以委托合同约定的建设内容所对应的投资额作为投资控制依据。
      第十三条　工程建设过程中发生的价差、建设期贷款利息、国家重大政策调整增减投资等实行动态管理。
      第十四条  项目法人应按照批准的初步设计组织建设，不得擅自扩大建设规模、增加建设内容、提高建设标准，不得突破概算或项目管理预算。
      第十五条　工程投资不得突破经批准的设计单元工程初步概算中的静态投资，确属重大设计变更且所增加的投资超出该设计单元工程静态投资部分，经批准纳入动态投资管理。　　
      第十六条　项目法人和建设管理单位应加强项目建设管理费的管理和使用，项目建设管理费不得突破经批准的项目管理预算中的相应额度。
      第十七条　设计单元工程发生的动态投资应在本设计单元工程动态投资和节余投资内解决；不足部分经国务院南水北调办批准利用同一项目法人管辖的其他设计单元工程节余资金调剂解决。
      第十八条  项目法人和建设管理单位应严格控制投资，支出节余或超支实行奖惩，投资控制奖惩按照财政部、国务院南水北调办制定的《南水北调工程投资控制奖惩办法》执行。
      第四章 预算管理
      第十九条  工程建设资金中的中央预算内资金和南水北调工程基金纳入财政基本建设支出预算管理。
      第二十条　项目法人应根据国务院南水北调办下达的年度投资计划，结合工程建设的有关情况，编制工程年度基本建设支出预算，报国务院南水北调办。
      第二十一条  年度基本建设支出预算由项目法人组织实施。项目法人应依据下达的年度基本建设支出预算，编制月、季度项目用款计划报国务院南水北调办。
      第二十二条　经批准的年度基本建设支出预算应严格执行，不得随意调整。确需调整的，应按原申报程序报批。
      第二十三条　实行委托制和代建制的建设管理单位应编制所负责建设管理工程的年度、季度资金使用计划报项目法人，纳入项目法人的用款计划。
      第五章  合同管理
      第二十四条　南水北调工程建设管理实行合同管理制，工程建设管理过程中的对外经济事项均应纳入合同管理。
      第二十五条  项目法人和建设管理单位应依据法律法规和国务院南水北调办有关合同管理规定，制定合同管理办法，规范合同的立项、谈判、签订、备案、履行、变更、争议调解、验收、存档及印章管理等行为。合同应由法定代表人签署；委托他人签署合同的，必须由法定代表人书面授权。　合同立项和签订应实行内部会签制度。合同专用章应由专人保管，并建立严格的用印制度。
      第二十六条　合同应采用规范性合同范本。确无可适用的规范性合同范本，可以制定专门的合同文本。金额较大的合同项目应组织有关法律、合同、经济、技术等方面专家严格审查合同条款。
      第二十七条　项目法人应接受国务院南水北调办对项目合同执行情况的监督管理。项目法人签订特别重要和金额巨大的项目合同，应接受国务院南水北调办派员监督。
      第二十八条　项目法人和建设管理单位应严格履行合同约定的责任和义务。合同条件发生变化，应按程序变更合同或签订补充合同。
      第二十九条　项目法人和建设管理单位应加强合同履行的过程控制和管理，建立合同管理台账和合同档案，做到合同管理台账明晰准确、合同档案完整。
      第三十条　项目法人应加强对建设管理单位合同管理的指导、监督与检查。
      第六章 支付管理
      第三十一条　项目法人应依据工程建设进度及资金支付需要，分次申请中央预算内资金和南水北调工程基金拨款。资金拨付申请应说明申请资金规模的理由，报告上次已拨付到位资金的使用、结余情况和本次申请资金的使用计划。项目法人按建设管理委托合同约定和工程建设进度向实行代建制和委托制的建设管理单位支付建设资金。
      第三十二条  项目法人和建设管理单位应依据相关法规和制度，制定工程建设资金支付管理办法，明确支付审核责任和程序等，规范工程建设资金支付行为。
      第三十三条  项目法人和建设管理单位应依据合同约定支付合同价款。合同价款一律通过银行结算，不得用现金支付。
      第三十四条  合同价款必须支付到合同约定的户名及账号。收款方变更户名、开户银行及账号，应出具盖有其法人公章、法定代表人签字的书面证明。
      第三十五条  支付合同尾款前，应全面清理合同执行和验收情况，妥善处理遗留问题。
      第七章  财务会计
      第三十六条  项目法人和建设管理单位应严格执行财政部颁发的《基本建设财务管理规定》和《国有建设单位会计制度》。项目法人应依据相关法律法规和规章制度，结合本单位管理特点制定内部财务管理和会计核算方面的制度。
      第三十七条  项目法人和项目建设管理单位应依法设置会计帐簿，实施会计监督,正确核算工程建设成本，合理分摊费用，按时编制会计报表，及时、准确、完整地反映工程建设资金的使用情况。项目法人和建设管理单位法定代表人对本单位会计工作和会计资料的真实性、完整性负责。
      第三十八条  项目法人和建设管理单位所有资金的收支应纳入财务部门统一核算和管理，严禁设立账外账、“小金库”。
      第三十九条  项目法人和建设管理单位对建设资金实行专户存储、专户管理，在一家商业银行开设一个基本建设资金账户，用于建设资金的结算。不得多头开户。项目法人开设、变更、撤销银行账户，应报国务院南水北调办备案。建设管理单位开设、变更、撤销银行账户应报项目法人备案。
      第四十条  项目法人和建设管理单位应按照批准的工程初步设计概算（或项目管理预算）费用项目和标准控制支出，严格执行财政部规定的成本费用开支范围和标准。
      第四十一条  项目法人对中央预算内资金和南水北调工程基金应分别以中央资本金和地方资本金单独反映。
      第四十二条  项目法人和建设管理单位要正确核算建设成本，以设计单元工程为成本核算对象，归集建设成本。凡能分清成本核算对象的成本费用，直接计入相关设计单元工程成本；需由多个设计单元工程分摊的公共费用，年度终了时按各设计单元工程当年实际完成投资额进行预分摊，竣工财务决算时再按实际应分摊数进行调整。
      第四十三条  项目法人和建设管理单位会计核算明细项目设置应与概算（或项目管理预算）、计划统计报表对应项目保持衔接。
      第四十四条  各建设管理单位应按时向项目法人报送财务会计报告，项目法人审核汇总后报国务院南水北调办。报告内容完整，数字真实准确，严禁弄虚作假。
      第四十五条  项目法人和建设管理单位应按财政部和国家档案局的有关会计档案管理办法，建立健全会计档案的立卷、归档、保管、调阅和销毁等管理制度，加强会计档案管理工作。
      第八章  竣工（完工）财务决算
      第四十六条  设计单元工程完工后，项目建设管理单位应在设计单元工程验收前编制完工财务决算；项目法人管辖的全部工程竣工后，项目法人应在东、中线一期工程竣工验收前编制竣工财务决算。一个设计单元工程由两个及以上建设管理单位共同实施的，各项目建设管理单位应完成其所实施部分完工财务决算后，由项目法人指定建设管理单位汇编该设计单元工程完工财务决算。
      第四十七条  项目法人和建设管理单位应从工程开工之日起，指定专人收集、整理和核对竣工财务决算资料。编制竣工（完工）财务决算前，应全面清理基本建设项目档案资料、盘点核实财产物资、清偿债权债务，做好帐务处理，做到帐帐、帐证、帐实、帐表相符。
      第四十八条  项目法人和建设管理单位应落实竣工（完工）财务决算编制的组织和人员，明确财务会计、计划统计、工程技术、设备物资等部门的相应职责。设计、施工、监理等单位应及时提供有关资料，做好配合工作。
      第四十九条  项目法人和建设管理单位的法定代表人对本单位编制的竣工（完工）财务决算的真实性、完整性负责。
      第五十条  南水北调工程竣工（完工）财务决算的具体规定，由国务院南水北调办另行制定。
      第九章  监督与检查
      第五十一条  项目法人和建设管理单位要加强对资金的使用管理的内部监督与检查。认真检查国家有关法律法规、财经制度、内部控制制度和岗位责任制的执行情况，对监督检查发现的问题及时纠正。
      第五十二条  项目法人和建设管理单位应建立重大事项报告制度。在工程建设过程中，发现下列资金管理的重大事项应及时向国务院南水北调办书面报告。
      （一）重大金额索赔
      （二）资金使用管理中的重大违纪问题；
      （三）其他涉及资金管理的重大事项。
      第五十三条  项目法人和建设管理单位应主动接受外部监督与检查，积极配合国务院南水北调办和国家监督检查机构对建设资金使用情况的审计、稽察及专项检查，如实提供资料，实事求是说明情况和问题，按照监督与检查的意见及时整改，并将整改情况反馈给国务院南水北调办。
      第十章  附则
      第五十四条  本办法自发布之日起执行。
      第五十五条  本办法由国务院南水北调办负责解释。